Kurikulum di STAI Ali Bin Abi Thalib Surabaya menggunakan sistem berbasis KKNI (Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia). Kurikulum ini mencakup Mata Kuliah Standar Kompetensi (MKSK) yang sesuai dengan ketentuan dari Kopertais IV Surabaya, ditambah dengan mata kuliah institusi lainnya.
Kurikulum STAI Ali Bin Abi Thalib Surabaya dirancang dengan sebagian besar menggunakan kurikulum internasional (Silsilah Ta’lim Al Lughah Al Arabiyah) terbitan Universitas Islam Muhammad bin Su’ud KSA yang mampu mengantarkan peserta didik menguasai bahasa Arab dari nol hingga sastra Arab, namun telah disesuaikan agar lebih relevan dengan kebutuhan pendidikan di Indonesia.
Kurikulum tersebut dirancang untuk mendukung realisasi standar kompetensi lulusan STAI Ali bin Abi Thalib Surabaya yang meliputi:
- Telah terakreditasi “Baik” oleh BAN-PT.
- Standar Pendidikan yang lebih tinggi
- Menggunakan kurikulum internasional (Silsilah Ta’lim Al Lughah Al Arabiyah) terbitan Universitas Islam Muhammad bin Su’ud KSA yang mampu mengantarkan peserta didik menguasai bahasa Arab dari nol hingga sastra Arab.
- Kurikulum tarbiyah modern dan penanaman leadership yang mengantarkan peserta didik menjadi sosok pendidik dan pemimpin yang unggul.
- Dosen-dosen berkompeten yang ahli di bidangnya.
- Bahasa Arab digunakan sebagai bahasa pengantar perkuliahan dan dalam kehidupan sehari-hari.
- Kajian rutin dan halaqah ilmiah yang variatif dan mendalam Bersama Asatidzah dalam Negeri maupun Masyaikh luar Negeri.
- Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) dan organisasi mahasiswa yang beragam sebagai wadah untuk mengasah soft skills.
- Lingkungan kampus yang kondusif untuk mendalami ilmu agama, mendukung proses pembelajaran yang fokus dan berkualitas.

