Visi STAI Ali bin Abi Thalib :

1. Menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Unggulan dalam bidang Bahasa Arab, Agama dan Pendidikan Islam.
2. Menjadi cikal bakal lahirnya Universitas Islam bermetode salaf di Indonesia.

Misi STAI Ali bin Abi Thalib :

1. Menyelenggarakan pendidikan tinggi berbasis Islam bermanhaj salaf
2. Mengintensifkan dakwah Islamiyah melalui pengajaran bahasa Arab
3. Mencetak generasi serta kader-kader yang berkualitas tinggi dalam aqidah, ibadah dan akhlaq serta ilmu-ilmu Islam lainnya sebagai penerus misi para Nabi dan Rasul terutama di bidang dakwah dan pendidikan.
4. Menyiapkan sarjana pendidikan Islam yang unggul yang bermanfaat umumnya bagi masyarakat luas secara legal, formal, diakui dan dibutuhkan masyarakat, lembaga, instansi dan pemerintahan.