Sebelum berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Ali bin Abi Thalib sekitar sepuluh tahun yang lalu, berdirilah sebuah lembaga pengajaran bahasa Arab dan Ilmu-ilmu Islam yang dikenal dengan nama Ma’had Ali Al-Irsyad didirikan pada bulan Oktober tahun 1996. Dengan mengadopsi kurikulum dari Universitas Imam Ibnu Su’ud Kerajaan Saudi Arabia. Seiring dengan berjalannya waktu, Ma’had Ali Al-Irsyad telah banyak mencetak lulusan-lulusan yang mempunyai kemampuan berbahasa Arab dan ilmu-ilmu Islam yang bagus. Sebagian besar lulusan melanjutkan pendidikannya ke jenjang yang lebih tinggi, baik di luar negeri seperti di Universitas Islam Madinah, dan di dalam negeri seperti di LIPIA (Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab) Jakarta, dan di beberapa universitas Islam lainnya di Indonesia.

Kemudian pada tahun 2006, awal perencanaan progam S1 didasari oleh kebutuhan akan sarjana-sarjana Islam yang begitu tinggi, dan sebagai bentuk kepedulian pengelola akan dakwah Islamiyyah serta komitmen pengelola untuk meningkatkan kemampuan para mahasiswa dengan ilmu agama dan bahasa Arab sebagai modal utama untuk menjawab kebutuhan masyarakat sekaligus sebagai sarana dakwah Islamiyyah yang relevan dengan dinamika zaman, maka Ma’had Ali Al-Irsyad ditingkatkan menjadi STAI Ali bin Abi Thalib dengan SK DIREKTUR JENDERAL PENDIDIKAN ISLAM DEPARTEMEN AGAMA REPUBLIK INDONESIA NOMOR : Dj.I/495/2007. Dengan masa studi 4 tahun.