Kurikulum STAI Ali bin Abi Thalib Surabaya merupakan hasil perpaduan dan pengembangan antara kurikulum silsilah Talim Al-Lughah Al-Arabiyah milik Universitas Imam Muhammad bin Su’ud Saudi Arabia dan kurikulum dasar kependidikan nasional yang telah ditetapkan Kopertais wilayah empat Surabaya. Sehingga mata kuliah yang diajarkan selama masa studi di STAI Ali bin Abi Thalib meliputi mata kuliah bahasa arab, agama, dan kependidikan.

Kurikulum tersebut dirancang untuk mendukung realisasi standar kompetensi lulusan STAI Ali bin Abi Thalib yang meliputi :

1. Mampu berbahasa arab secara aktif.
2. Memiliki bekal ilmu agama yang memadai mencakup aqidah, ibadah, muamalah, dan akhlak.
3. Memiliki hafalan al-qur’an minimal 5 juz dan hafalan hadits-hadits pilihan.
4. Memiliki kemampuan pedagogik dan kemampuan untuk mengelola sekolah.
5. Mampu menulis karya tulis ilmiah serta melakukan penelitian – penelitian ilmiah di bidang Pendidikan, sosial, dan keagamaan.